《决战宠物岛》的故事发生在一个精灵凋零，工业崛起的时代。科学带给人类无限的力量，但是同时也造就了一批蔑视自然法则的疯狂怪人。神秘博士就是其中一位，居住在地下的他，建立了自己庞大的基地。还设置了迷幻陷阱帮助自己及时逃脱，为了精灵和人类共同的未来，我们只有尽力打败他！
神秘博士潜伏在鹦鹉号下层的空间中，从主城八边形的洞口进入就能寻觅到神秘博士的踪迹。玩家也可以通过主界面的图标自动寻路找到神秘博士的位置。
想要抓住这位狡猾的科学怪人并不是那么容易。当我们追踪神秘博士时，会被他释放的电磁波控制住，此时会有博士释放的幻影攻击玩家，打败幻影，将获得不错的奖励和博士积分。积分可换取《决战宠物岛》的珍贵道具。
《决战宠物岛》神秘博士一共有15关，每一关玩家都需要挑战不同的幻影BOSS，挑战完成后，地图中将生成一个宝箱，里面不止有各类道具，还有博士积分。
博士积分可以用于兑换博士商店中的武器碎片等物品。随着神秘博士的基地更加完整的展现在我们眼前，幻影怪也会越来越强，但是不论有没有打通15道关卡，都能获得所击败的宝箱奖励。为了更强，赶紧去鹦鹉号地下追逐这个疯狂的科学家吧~！
